Научно- исследовательская работа в музее - одно из ведущих направлений, связанная с накоплением, обработкой и введением в общекультурный оборот материальных и нематериальных объектов наследия родного села. Сотрудники музея ведут работу по изучению музейных предметов и коллекций, занимаются исследованиями в области сохранения памятников культуры села, изучением литературного наследия народного писателя Якутии Е.П. Неймохова. Итогом научно- исследовательской работы является презентация литературного, историко-культурного наследия села, которая выражается в создании постоянно действующей или временной экспозиции.

                   Одним из основных направлений работы является работа над родословной жителей Мегино-Алданского наслега.

16 апреля 2014 года между Главой МО «Мегино-Алданский наслег» и ОО «Научно-исследовательский институт генеалогии и этнологии народов Севера» было подписано Соглашение о сотрудничестве и совместной деятельности. В настоящее время в архив наслега внесено более трех тысяч жителей современности и предков.

        В здании музея проведена малая научно- практическая конференция на тему «Памятные места родного села». На обсуждение вынесено около 7 докладов. В ходе этой исследовательской работы выявлены следующие особо охраняемые в наслежном уровне места: озера ϴксүүкэй, Хатыыстаах, местности Куудаҕар, Тимир Саахтаах, Дабаччыма, Рыбзавод, Сырдаабыт. Особыми знаками отмечены «Мост Константина»( сооружение 18 века), «Холм Харитона»(на холме столб, посвященный Коммуне, организованной в 1929 году 20 века). Итогом исследовательской работы стало издание фотоальбома «Мэҥэ Алдан нэhилиэгин Ытык уонна Ытык кэрэ сирдэрэ» (2017 год).

     Тема Великой Отечественной войны занимает особое место в научно-исследовательской деятельности музея. В данное время сотрудниками музея ведется поисковая работа по сбору материалов о матерях, потерявших на войне 2-х и более сыновей. Это Аломфея Федоровна Дарбасова, потерявшая сыновей Романа Прокопьевича, Александра Прокопьевича Березиных, это Прасковья Матвеевна Егорова. Погибли на фронте три ее сына: Алексей, Василий и Егор.